药物化学是一门发现与发明新药、合成化学药物、阐明药物化学性质、研究药物分子与机体细胞（生物大分子）之间相互作用规律的综合性学科，是创新药物研发的源头学科。安徽医科大学药物化学学科创立于1998年，是安徽省药物化学专业委员会的发起和主任委员单位，拥有安徽省首个药物化学博士点。

学科师资力量雄厚，现有专任教师9名，分别毕业于中国药科大学、南京大学、中国科学技术大学、中山大学、复旦大学等著名高校，均具有博士学位。其中教授3名，副教授3名；博导1名，硕导8名。安徽省学术与技术带头人1名，皖江学者1名，安徽省杰青1名，安徽医科大学中青年学术技术带头人1名，安徽医科大学青年拔尖人才培育人选2名。

学科实验室面积约200平方米，拥有化学合成、相互作用评价、靶标蛋白纯化、新药高通量筛选等学科上下游科学研究仪器，价值约600万元。拥有计算机辅助药物设计平台，从事先导化合物的结构设计、分子对接、药物团模型构建、中药成分的作用靶点搜寻、化合物与作用靶标的相互作用预测、化合物的ADMET性质的预测；基于生物靶点的药物筛选等研究，为药物前期的研发提供指导与思路。

学科近年来承担了国家级课题十余项、省部级课题二十余项，纵向研究经费近600万元。在Journal of Medicinal Chemistry、 Medicinal Research Reviews、European Journal of Medicinal Chemistry等学科Top学术期刊发表论文百余篇，获安徽省自然科学三等奖，安徽省青年科技奖等奖项，国家授权发明专利十余项，形成了端粒酶抑制剂、抗炎系列化合物的发现等一批具有国际影响力的学术成果。

学科研究方向一：基于靶标与机制的药物合理设计

围绕端粒酶、CDK、HIF-1、胆碱酯酶等药物作用靶标、通过合理药物设计、化学合成，活性筛选，发现小分子抑制剂，进行药理活性筛选和安全性、药代动力学等临床前研究。

学科研究方向二：活性小分子的合成与构效关系

进行抗肿瘤、抗炎、抗阿尔茨海默等重大疾病，合成、筛选发现小分子化合物，进行药理活性筛选并深入研究作用机制。

学科研究方向三：药物化学生物学与靶标确认

基于活性小分子调控研究，发现高活性、高选择性的小分子调节剂，以化学生物学为基础，充分运用化学方法和技术手段探索活性分子在生物体内的作用靶标，在分子水平上探讨疾病治疗的作用机制。