药学院依托药学（临床药理）和中药学两大学科群，以临床问题为导向，开展生物医药活性成分的定性与定量分析、原料药及有关杂质的结构确证研究及中药化学成分的分析。学院还通过基础医学的学科进行药品临床前研究（包括新先导的细胞和分子生物学、药理、药物制剂等多学科技术服务），以及筛选新型活性先导结构，含分离提取、结构改造及计算机辅助药物设计。学院的科研侧重新理论、新技术、新方法、新产品的开发与利用，联合攻关，推动了创新药物研究与应用的进步。

    药学院现有的科研平台为以下的三个实验室，两个研究中心，一个研究院：2008年“药学综合技能实验中心”获得中央与地方共建高等学校共建专项资金资助；2008年参与建设的“抗炎免疫药理学省部共建教育部重点实验室”经教育部批准立项；“天然药物活性成分研究重点实验室”2008年被安徽省科技厅批准立项为省级重点实验室，实验室依托项目完成良好，经评估于2010年和2012年分别获得资助资金追加；2008年“安徽省天然药物活性成分工程技术研究中心”由安徽省科技厅批准建设，并于2012年顺利通过验收；2009年“中药药理实验室”被批准为国家中医药管理局中医药科研三级实验室；2011年药学院参与建设的“抗炎免疫药理学重点实验室”成为教育部重点实验室；2013年“安徽省创新药物产业共性技术研究院”获安徽省教育厅批准建设。

    药学院目前承担国家自然科学基金资助项目、国家重大基础研究前期（973 前期）研究、国家科技部863资助项目、“重大新药创制”科技重大专项项目等各类自然科学研究项目100余项，近三年发表学术论文400余篇。自2012 年以来，共承担国家自然科学基金重点项目、优秀青年基金项目、重大研究（培育项目）计划、科技部重大专项等国家级课题70多项；省部级及横向科研项目50余项，总科研经费达3700 余万元。发表学术论文共440余篇，SCI 收录298 篇， 2篇论文先后入选ESI 热点论文，7篇论文入选ESI高被引论文，获国家发明专利授权15项 。获得安徽省自然科学一等奖、二等奖各1项，三等奖2 项；青年科技奖2项，华夏医学科学奖三等奖1 项，吴孟超青年医学奖1 项。其中药理毒理学在基本科学指标数据库（ESI）全球排名1%。而中药学科在中药资源与鉴定研究、天然药物活性研究、中药药理学、中药药物代谢动力学、中药药物分析学等方面具有特色和优势研究方向。