重大自身免疫性疾病十分常见且危害性极大，但我国在该方面的研究工作仍然滞后于经济社会的发展和人们医疗保健的需求，迫切需要进行深入系统的研究，为临床防治重大自身免疫性疾病提供支持。拟建立的重大自身免疫性疾病安徽省重点实验室，以安徽省人群健康与重大疾病筛查与诊断重点实验室、安徽省重要遗传病基因资源利用重点实验室和安徽省天然药物活性研究重点实验室为基础，充分发挥在基础研究及临床研究方面的优势，以SLE、类风湿关节炎、慢性肝病、银屑病等为研究着力点，致力于获取原始创新性成果。根据国家重大自身免疫性疾病防治的战略需求和学科发展趋势，结合实验室优势、特色和我国重大自身免疫性疾病发展的现状，整合为下列四大研究方向。
（一）实验室研究方向
1、SLE
2、类风湿性关节炎
3、慢性肝病
4、银屑病
（二）主要研究内容
基于前期流行病学、基因组学、药理学的研究基础上，重点实验室将主要研究以下内容：
一、重大自身免疫性疾病队列研究：通过已构建或进一步搭建的自然人群队列及专病队列，在疾病高危、发病、治疗及预后等多个时间节采集供生命组学分析的样本，比较疾病不同时期的多组学数据，研究组学特征谱的时间动态变化过程，为重大自身免疫性疾病精准防诊治提供生物学靶标；
二、重大自身免疫性疾病多组学研究：在疾病遗传调控和免疫紊乱表型的多个层次通过基因、蛋白、代谢分子、免疫细胞等多组学技术平台，描绘疾病多组学生物标志物特征图谱，开展疾病早期预警、早期诊断、预后判断的研究。
三、重大自身免疫性疾病发病机制、生物标志物及靶向候选药物设计开发研
究；通过整体-细胞-分子等机制研究，明确相关基因编码蛋白的功能，阐明疾病发生发展过程中信号传导通路，确定生物标志物，通过晶体结构，构建小分子化合物库，筛选疾病防治的小分子化合物，通过药物临床前药效学评价技术平台，为重大自身免疫性疾病精准治疗提供候选药物。
通过 “专病和自然人群队列——组学特征谱与生物标志物——多中心临床试验”策略，进行疾病人群预防、有效诊疗方案的大规模前瞻性临床研究，制定疾病诊断、治疗、预后预测的新标准和新规范。优化疾病的临床医学、免疫学、遗传学、药理学等多学科交叉融合策略，形成高效、系统的临床精准解决方案。