药学院学院目前拥有：药学博士学位授权一级学科点和药理学博士后科研流动站；中药学和药学两个硕士学位授权一级学科。
其中药学（药理学）一直是学校的优势学科之一，早在1956年就开始招收培养副博士研究生，1978年研究生教育制度恢复后获得首批硕士学位授予权，1990年被批准为博士学位授权学科，为安徽省属高校第一个博士学位授权学科，2002年成为中药学一级学科硕士学位授权学科，2003年获国家人事部批准为药学博士后科研流动站，2005年成为药学一级学科硕士学位授权学科，2010年9月，药学、中药学专业一级学科硕士学位授予点成功获批。2011年4月，药学博士学位授权一级学科点成功获批。
主要研究方向有：药理学、药剂学、药物化学、药物分析学、微生物与生化药学和中药学六个研究方向。药学院从1998筹备到1999年的药学系成立，再到2004年更名后的药学院，十五年来，药学院积极探索，锐意改革，不断创新。从首批招生60人，发展为现有本硕博、博士后教育为一体的多层次办学格局，累计培养博士40余人，硕士196人，本科生近2000人。为国家社会经济建设和人才培养做出了重要贡献。
近年来，本学科点培养的研究生在药理学领域取得了多项荣誉，博士研究生姚宏伟获得第八届“中国药理学会-施维雅青年药理学工作者奖”。此外，本学科点培养的研究生获安徽省第五届自然科学优秀学术论文一等奖2项；连续三年获安徽省药学会优秀论文一、二、三等奖；参加全国生化药理学术研讨会，获全国优秀青年论文奖。博士研究生王海萍荣获“药学发展前沿论坛-博士论坛”优秀论文一等奖。仅在2015年，研究成果入选安徽医科大学2015年十佳论文2篇，获2015年度安徽医科大学十佳科技新星1人。3名研究生获2015年度校研究生学术新星候选人(崔文慧、陈培杰、沈陈林)。已选派1名博士生（何勇）赴美国NIH联合培养，另1名博士生（吴小琴）通过校“卓越博士”计划选拔，赴美国埃默里大学联合培养。由柏素文同学课题组的《高糖刺激对晶状体囊膜上皮细胞钙库操控钙内流、增殖影响及其机制》获得第八届“全国大学生药苑论坛”创新成果一等奖。牛若雯同学课题组的《多功能脂质体微针构建的粘膜佐剂——传递系统》获得创新成果二等奖，同时两篇论文均评为优秀论文奖。第四届全国医药院校药学/中药学专业大学生实验技能竞赛上，临床药学专业徐程和潘雪银分别获得竞赛特等奖和一等奖。
学校进入部委省共建高校行列，为学院发展搭建了更为广阔的平台；学校两个一百年目标的提出，为未来各项工作指明了方向。在新的起点上，药学院将围绕人才培养这个核心，不断提高教学质量；二是要注重学科发展的龙头作用，提升学科的整体实力；三是要抓住师资队伍建设这个关键，打造更加合理的人才梯队；四是要进一步加强学院文化建设，全面推动文化育人工程。