重大自身免疫性疾病安徽省重点实验室，实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制。实验室建立了学术委员会，其主要职能是审议实验室的研究方向、研究重点、评议课题的研究进展、审批开放课题和审议实验室重大学术活动等。学术委员会共9名委员，主任委员由王福生教授担任，副主任委员由曹云霞、沈洪兵教授担任，其余委员由6名国内知名专家担任，涉及基础和临床不同的研究领域（见附件二）。
（一）开放合作情况
实验室科研人员采取固定编制和开放流动相结合的方式运行。固定人员致力于实验室主攻研究方向，保证实验室预期科研计划的圆满完成，由实验室主任根据需要进行聘任，实行按需投岗，按岗聘任。流动科研人员采取项目招标和自主选题方式，聘请、吸引和凝聚国内外高水平的科技人员到实验室工作，联合承担国家、省重大科研项目，拓展研究思路，致力于研究领域的前沿热点方向，保持研究方向的创新性和先进性。对实验室流动人员（如短期回国人员，带经费进行课题研究人员，以及研究生、进修生等）采取课题任期制或协议制进行管理与流动。为充分利用高效利用实验室的平台，实验室遵照 “开放、流动、联合、竞争”的方针，为创造良好的科研条件和学术氛围，吸引、凝聚国内外优秀学者，联合培养高层次科技人才，促进高水平成果产出，依据实验室布局和发展规划，并充分考虑发挥已有的资源优势、学科的发展趋势，实验室共计在银屑病亚型基因组变异研究、银屑病药物基因组研究以及SLE等重要常见/少见/罕见疾病分子发病机制研究方向资助了60多项开放课题研究，覆盖了全国多家优势科研院所。
博士后查晓军系统性开展哺乳动物雷帕霉素靶蛋白复合物1的功能学研究，2011年至今，在PNAS、J Clin Invest、Cancer Res等杂志发表SCI论文多篇，获得国家自然科学基金青年基金项目和面上项目各1项；博士后陈乃东开展霍山石斛炎症免疫性疾病、抗炎免疫药理学的研究，发表SCI论文多篇，2011年和2015年分别获得国家自然科学基金青年基金项目和面上项目的支持，2015年印度籍博士Tamiselvi Elango顺利通过博士后进站开题报告答辩，进入博士后流动站学习。依托皮肤病学教育部重点实验室的技术平台和成果优势，对Keratin基因在银屑病中的表达及对致病机制进行深入研究。这是我校首位外籍博士后，标志着我校临床医学博士后科研流动站建设步入新的历史时期。访问学者David Barzan在实验室研修期间，开展乳腺癌中国和德国人群遗传变异的比较，发现3个位点7个SNP与中国乳腺癌显著关联，其中5个在德国人群中得到验证，同时发现不同人群遗传变异存在差异，提示中德乳腺癌存在共同的遗传因素，凸显了开展不同人群疾病易感性比较的重要意义。研究成果发表于2013年Eur J Hum Genet杂志。
加强与国内外知名高校、科研院所的科研合作，联合申请课题，合作项目开发；每年聘请2～3名国内外知名学者担任实验室客座研究人员或学术顾问，互派科研人员合作进行科学研究和访学，积极接纳优秀访问学者来实验室从事合作研究。
(二)实验室主任负责制
实验室实行依托单位领导下的主任负责制，实验室设二名副主任，设立实验室办公室及室务委员会，配备专门管理人员协助实验室主任进行日常管理与实验室的协调工作，包括实验室的公共平台管理，学术交流和后勤保障等事物，监督实验室管理规范的落实。
（三）课题负责人制
课题组是实验室的基本活动单元。由承担项目情况而确立并实行课题负责人。课题组长具有相对独立的人事权，可根据工作的进展聘任研究人员。
（四）实验室的准入制度
实行开放、流动、竞争的人才机制，根据课题经费和课题级别，配备相应的实验室空间及实验助手。学术带头人必须具备在国际上有一定影响、在国内有较高的学术地位、承担国家级课题或国际合作课题等条件。学术骨干必须是副教授、博士学位或者在国外学习一年以上。
（五）各项规章制度
实验室准入制度；课题负责人制度；学术委员会工作章程；财务管理制度；人力资源分配有关规定；开放课题基金管理办法；科研成果奖励办法；实验材料管理（试行）制度；知识产权保护制度；仪器设备管理办法；实验室大型精密贵重仪器设备考核办法；生物安全防护规则等，这些制度由专人进行实施及监督管理，切实做到人员岗位职责明确、日常管理科学有序，建立良好的运行机制。
（六）仪器设备的管理
为提高仪器的运行和管理水平，促进资源共享，加强对外开放和服务，本实验室制定了相应的实验室仪器设备管理办法及大型精密贵重仪器设备考核办法，对于大型精密贵重仪器实行专人操作和维护，并实行仪器年度考核制度，通过对仪器设备的完好率、设备条件、规章制度、使用机时、功能利用率等方面进行考核，实施奖惩。由于拥有严格的规章制度和技术力量较强的维修队伍，设备完好率在98%以上，同时具有较高的利用率，保证了科研工作的顺利进行。
大型实验操作平台配有专门实验指导人员，负责指导科研人员的实验操作；大型先进的仪器设备使用制定有完善的管理规则和严格的操作使用程序，配有专职设备技术管理人员进行使用指导和管理。
（七）国际科研合作研究
目前已和全国多个医院建立了重大自身免疫性疾病资源库收集网络，并与国内、国际有关专家在双方实验室平台开展多项合作研究：包括与香港大学李嘉诚医学院儿科与青少年医学系杨万岭博士、美国南加州大学洛杉矶分校风湿免疫科郑颂国教授、澳大利亚Walter & Eliza Hall研究所许岳慷教授、英国萨里大学吴常皓教授等均建立了长期合作关系。
获两项国家自然科学基金国际合作项目：中国-以色列《寻常型天疱疮的遗传学基础研究》及中国-加拿大《家族性掌跖型多汗症致病基因的鉴定》。联合德国基尔大学等单位，开展特应性皮炎遗传学研究，发现汉族两个新的易感区域，将该病易感位点提升至31个，（Nat Genet. 2011; Nat Genet. 2013; Nat Genet. 2015）。与德国基尔大学合作开展AD基因组变异的Imputation研究，报道2个新易感位点，首次验证亚洲5个位点（J Allergy Clin Immunol. 2015）。开展银屑病跨种族GWAS Meta分析，发现TP63等4个关联易感基因及HLA-I区域3个基因均与银屑病相关联，证明不同人群遗传异质性（Nat Commun. 2015）。联手美国、德国等地研究单位开展SLE GWAS-Meta分析研究，不仅发现了JAK2等10个新的易感基因或位点，并验证出目前大多数已报道的易感位点在中国人群和欧洲人群中均存在风险变异，初步确定了不同易感位点中的潜在致病变异。（Nat Genet. 2016）。应邀在《自然遗传》疾病基因组学国际论坛、世界皮肤科学大会、亚洲皮肤科学大会、全球华人皮肤科高峰论坛、美国皮肤科医师协会学术年会、中澳生物医学大会、国际肝脏病大会等国际重要学术会议做特邀报告。
（八）国内科研合作研究
与香港大学合作获1项国家自然科学基金地区合作项目《SLE易感基因外显子区编码变异的研究》。与山东省皮肤病医院、中山大学、新乡医学院、复旦大学等多家单位合作开展、麻风、痤疮、IgA肾病、食管癌等的遗传学研究，发现系列原创性结果，发表《Nat Genet》等多篇高影响力SCI论文。应邀在多个国内重要学术会议做特邀报告：包括香山科学会议、京港医学交流会议等。
承办《自然遗传》疾病基因组学国际研讨会、JID-华山皮肤科高峰论坛、中华医学会全国皮肤性病学术年会、国际肝脏病会议等国际国内学术会议10余次。
（九）开放课题的设置和运行
实验室接受国内相关研究机构的研究生、博士后及进修生人员到实验室进行学习和工作，得了一定的科研成绩。
实验室实行对外开放运行机制，已有来自多个大学、研究机构或企业科研人员、研究生、博士后及进修生人员到实验室进行实验研究或使用有关仪器设备，同时实验室的大型仪器设备已进入安徽省科学仪器协助共用网向安徽省及至全国公开设备信息。
实验室根据研究方向已设置了4个开放课题，如SLE的易感基因功能研究；类风湿关节炎的表观遗传修饰研究；银屑病发病机制探讨；表观遗传修饰在慢性肝病中的作用机制研究等；
（十）实施人员聘用及流动机制
为了发挥学科交叉优势，增强实验室的竞争能力和可持续发展能力，近年来实验室在人员聘任及促进人才流动等方面建立了一系列行之有效的规章制度。在此运行机制下，先后有多名国内外学术骨干被本实验室聘用或在本实验室进行流动工作。实验室人员实行按需设岗、公开招聘、择优录用。根据从事研究工作的性质和作用，分别建立相应考核评价标准，实行评聘、考核、解聘制度。通过上述措施，保证实验室研究人员有一定更新率，促进实验室多出成果、多出人才。