重大自身免疫性疾病安徽省重点实验室的建立，旨在服务国家中长期发展“提高出生人口素质，有效防治重大疾病”的重大需求，瞄准国内外重大自身免疫性疾病研究的前沿课题，解决我国系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、慢性肝病、皮肤病等重大自身免疫性疾病的关键问题，取得标志性原创成果；在研究易患因素、发病机制的基础上，探索新的诊断与治疗手段，开发新药，建立适合国情的防诊治方案，为重大自身免疫性疾病的防诊治提供技术支撑体系和创新平台。

实验室基于依托单位的强强合作，优势互补（以“安徽省人群健康与重大疾病筛查与诊断重点实验室”、“安徽省重要遗传病基因资源利用重点实验室”、“安徽省天然药物活性研究重点实验室”为主体），力争创立具有中国特色的“临床医学与基础医学有机融合”的临床学科重点实验室的创新模式，充分进行资源整合，学科融合、交叉渗透，汇聚人才，并着力于体制创新，将实验室建设成为国际知名、具有原始创新能力的研究基地和重大自身免疫性疾病高层次人才的培养基地。